Формат «Commander» долго являлся неофициальным и был известен как «Elder Dragon Highlander». Однако в целях популяризации мультиплеерных форматов, таких как «Planechase» в 2009 году и «Archenemy» в 2010 году, «Wizards of the Coast» на этот раз выбрали крайне популярный в США формат «EDH».
Основой колоды режима «Commander» — «командир» или «генерал» — легендарное существо, от цветов которого зависят цвета всей остальной колоды. Колода состоит ровно из 100 карт, одна из которых, собственно, и есть генерал. В колоде все карты, кроме базовых земель, могут присутствовать только в единственном экземпляре. Включать можно только карты тех же цветов, что у командира, а также бесцветные карты, но здесь надо помнить, что в двойных и гибридных картах учитываются все цвета. Более того, если где-либо в тексте карты встречается мана-символ, не являющийся цветом вашего командира, такую карту также нельзя включать в колоду! Когда в процессе игры вы должны получить ману, цвет которой не совпадает ни с одним из цветов командира, вы получаете бесцветную ману.
Сайдборд в настольной игре Magic the Gathering «Коммандер», как правило, не используется.
Перед началом игры существо-командир помещается в специальную командную зону. Его можно разыгрывать из командной зоны за его обычную стоимость плюс добавочная мана за каждый повторный его розыгрыш. Если командир должен попасть на кладбище или в изгнание, вы можете поместить его в командную зону и потом снова его оттуда разыграть. Разыграть существо-командира из командной зоны можно по обычным правилам — только в свою главную фазу.
Игроки начинают с 40 очками жизнями вместо обычных 20. В игру добавляется дополнительное условие поражение: если игроку в течение партии наносится 21 или больше очков повреждений одним и тем же командиром, то он проигрывает.
Режим игры «Commander» лучше всего подходит для 3-6 игроков в режиме «Все против всех», хотя можно играть и один на один. Игровой процесс состоит из постоянно меняющейся боевой обстановки, в которой заключаются и рвутся хрупкие альянсы, а предательство ждёт каждого! Целые столы существ уничтожаются раз за разом, а игрок, получивший хоть небольшое преимущество — тут же получает и новых врагов! В конце останется только один игрок…